Pada Windows, terdapat juga beberapa ekstensi file yang mengasosiasikan file tersebut dengan MS-DOS. Misalnya .bat yang biasanya melekat pada file Autoexec. Ekstensi .bat sebenarnya merupakan sebuah file plain text seperti file.txt biasa. Bedanya, file ini tidak berisi hanya sekadar teks belaka, namun merupakan sederetan perintah yang akan dijalankan oleh Windows saat kali pertama booting.
Secara default, pada semua versi Windows selain Windows XP dan 2000, file Autoexec.bat hanya kosong belaka. Kecuali jika Anda menginstal program antivirus under DOS yang berjalan saat Windows booting, maka Autoexec.bat akan menampilkan sederetan command untuk menjalankan program antivirus dan program lain yang disebutkan di dalamnya.
Ada juga ekstensi file .com yang berasal dari jenis file COMmand. Filefile berekstensi .com biasanya merupakan subprogram yang melekat pada MS-DOS. Ekstensi file lain yang berasosiasi dengan MS-DOS adalah .pif. PIF singkatan dari Program Information File. File .pif berisi serangkaian data mengenai setting pada DOS